Quần thể chùa Hương có nhiều công trình kiến trúc rải rác trong thung lũng suối Yến. Khu vực chính là chùa Ngoài, còn gọi là chùa Trò, tên chữ là chùa Thiên Trù (tọa độ: 20°37′5″B 105°44′49″Đ / 20,61806°B 105,74694°Đ / 20.61806; 105.74694). Chùa nằm không xa bến Trò nơi khách hành hương đi ngược suối Yến từ bến Đục vào chùa thì xuống đò ở đấy mà lên bộ. Tam quan chùa được cất trên ba khoảng sân rộng lát gạch. Sân thứ ba dựng tháp chuông với ba tầng mái. Đây là một công trình cổ, dáng dấp độc đáo vì lộ hai đầu hồi tam giác trên tầng cao nhất. Tháp chuông này nguyên thủy thuộc chùa làng Cao Mật, tỉnh Hà Đông, năm 1980 được di chuyển về chùa Hương làm tháp chuông.[1]

Chùa Chính, tức chùa Trong không phải là một công trình nhân tạo mà là một động đá thiên nhiên (tọa độ: 20°36′47″B 105°44′4″Đ / 20,61306°B 105,73444°Đ / 20.61306; 105.73444). Ở lối xuống hang có cổng lớn, trán cổng ghi 4 chữ Hương Tích động môn. Qua cổng là con dốc dài, lối đi xây thành 120 bậc lát đá. Vách động có năm chữ Hán 南天第一峝 (Nam thiên đệ nhất động) khắc năm 1770, là bút tích của Tĩnh Đô Vương Trịnh Sâm (1739-1782). Ngoài ra động còn có một số bia và thi văn tạc trên vách đá.